前言: CATMAID简介
CATMAID 全称是 Collaborative Annotation Toolkit for Massive Amounts of Image Data。是一个完整的软件系统，是一个基于网页的分布式神经元追踪与注释平台。通常作为一个脑连接组数据库来进行使用. 是一个运行在 浏览器中的神经元追踪平台，专为超大体积电子显微图像（EM volume）设计。 它支持多人协作注释神经元、突触、路径、标签等内容。(仅对登录后的使用者开放编辑、注释的功能!)对于对数据库编辑的相关操作详见官方文档: Instructions for Tracing Neurons — CATMAID 2021.12.21 documentation
本文档着重介绍作为数据库使用者, 在使用CATMAID时的相关使用方法和操作.
主界面视图介绍
在进入数据库后可以看到如下界面, 暂且将界面分为: 工具栏, 视图, 底部状态显示栏 三部分.
工具栏
在界面最上方有两层工具栏
- 工具栏第一行:
- Home/project/layouts为对文件(项目)的相关全局操作
- 第一个图标
为快捷工具栏(工具栏索引),能够再次快速找到自己想使用的工具 - 第二个图标为移动操作的图标
,该图标被选中后可以直接用鼠标拖拽图像调整其位置.除此之外:
- 鼠标右键拖拽同样可以实现该功能
- 可以通过对第二行的X,Y值调整来调整图像位置
- 图像右下角的上半三角图标
打开的小窗具有同样的功能
- 第三个图标
为软件的全局设置 - 第四个图标
略 - 第五个图标
为追踪工具, 选中该工具后自动退出拖拽工具, 此时将无法直接用鼠标拖拽图像. 与此同时视图中图像上出现大小颜色各异的点(nodes and tree-nodes); 第一行的工具栏上出现更多选项 
这里按照功能来介绍
- 选择列表
: 显示已被选择的skeleton. 许多操作都是对已选择的点进行的.
- 在列表视图中选择对应的取样来源(如: from active skeleton,即从已被鼠标单击激活的skeleton中选取, 单击append将skeleton添加到选中目录)
- measure: 测量神经元各数据
- 连接性工具
: 查找与被选中skeleton有连接的skeleton, 和相关突触数量.
- 选择list links则会显示选中神经元有关的所有的突触
- open partner chart选项则可以以柱状图的方式显示选中神经元的上下游的神经元名称和对应突触的数量(open plot类似)
- shreshold?
- review skeleton: ?
- graph工具: 绘制出已选择的skeleton之间的连接网络
- …
- morphology: 绘制skeleton从起始node开始的形态学特征
- circuit plot: 如图所示, 纵坐标为hillock length(轴丘长度), 横坐标为 segregation index（突触分布离散性指标）此外横纵坐标参数可以进行更改(神经纤维长度,神经突数目等)
- venn diagram: 疑似只能表征神经元组的集合关系?
- connectivity matrix: 选定突触前神经元和突触后神经元随后生成表格确定这些神经元之间是否有链接(对角线上是自连) 选中fraction,会显示突触比例.除此之外,在groups中将 neuron 分类分组显示，便于对比同一类 neuron 的 connectivity pattern，或者把相关 neuron 放到一起; 而在display中可以选择矩阵中neuron的显示方式
- neuron navigator: 根据ID, tag, 名称等信息快速定位到对应的神经元,并追踪路径.
- synapse distribution plot: X轴代表神经元从root node开始到对应node的距离, Y轴代表对应神经元的名称. 图中每个点代表一个突触
- 3D: 将选择的神经元构建出3D模型, 在view settings中的volums中可以调出对应的躯干模型, 其余功能如调色等略过.
- 选择列表
未解决问题:
- circuit graph plot 在某些时候无法正常使用
- connective matrix 的group功能如何使用?
- neuron similarity 不可用?
- neuroglancer ?